8 Temmuz 1967 tarihinde 892 sayılı Kanunla kurulan Hacettepe Üniversitesi’nin kuruluşundaki ilk üç fakülteden birisi, bugünkü “Sağlık Bilimleri Enstitüsü” nün temelini teşkil eden “Sağlık Bilimleri Fakültesi” dir. Ev Ekonomisi, Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon, Tıbbi Teknoloji ile Hemşirelik Yüksekokullarının bağlı olduğu “Sağlık Bilimleri Fakültesi” bu bilim alanlarının hem lisans, hem de yüksek lisans eğitimlerinin yer aldığı ilk eğitim kurumu olmuştur. Daha sonra yapılan bir düzenleme ile Yüksekokullar doğrudan Rektörlüğe bağlı hale getirilmiş; Hacettepe Üniversitesi Mezuniyet Sonrası Eğitim Fakültesi'nde yürütülen Tıp ve Sağlık Bilimlerine ait lisansüstü programlar ise Sağlık Bilimleri Fakültesi'ne bağlanmıştır. Bu uygulama ile Sağlık Bilimleri Fakültesi ülkemizde ilk defa Hacettepe Üniversitesi bünyesinde tıp ve sağlık bilimlerinde sadece lisansüstü eğitim veren ilk kurum özelliğini kazanmıştır. 2547 sayılı YÖK kanununun yürürlüğe girdiği tarihten sonra 20 Temmuz 1982 tarihinde 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Sağlık Bilimleri Fakültesi’nin adı “Sağlık Bilimleri Enstitüsü” olarak değiştirilmiştir.
Yükseköğretim Kurulu Kararı ile 1993 yılından itibaren Üniversitemiz Çocuk Sağlığı, Kanser Enstitüsü, Nörolojik Bilimler ve Psikiyatri Enstitüsü, Aşı Enstitüsü ile Halk Sağlığı Enstitülerinin Eğitim Öğretim Faaliyetleri Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde yürütülmektedir.
Yükseköğretim Kurulu’nun 15.07.2003 tarih ve 15273 sayılı kararı ile Tıp Fakültesindeki standart eğitime entegre ederek oluşturulmuş özel bir eğitim olan; Tıp Fakültesi Tıp Bilim doktoru (MD.PhD) “Bütünleşik doktora programı” Sağlık Bilimleri bünyesinde eğitimini yürütmektedir.
Sağlık Bilimleri bünyesinde bulunan Sağlık Kurumları Yönetimi Anabilim Dalı 2012 yılında Sosyal Bilimler Enstitüsüne devredilmiştir.
Enstitümüz, bünyesinde 2011 yılında açılan Kök Hücre, 2013 yılında açılan Biyoinformatik, 2015 yılında açılan İlaçta Ar-Ge programları gibi multidisipliner programlar ile 2016 yılında multidisipliner programa dönüştürülen Tıbbi Ürünlerde Ruhsatlandırma programı ile günümüzün popüler bilimsel branşlarında akademisyen ihtiyacını sağlamada öncülük etmektedir.
Sağlık Bilimleri Enstitüsünün işleyişi 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununda belirtildiği şekilde Hacettepe Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Öğretim ve Sınav Yönetmeliği ile gerçekleştirilmektedir
Sağlık Bilimleri Fakültesi olarak faaliyete başlayan kurumun dekanlık görevlerini
Prof. Dr. Abdullah KENANOĞLU 4 Temmuz 1967-7 Temmuz 1969,
Prof. Dr. Ekrem GÜLMEZOĞLU 7 Temmuz 1969-3 Temmuz 1971,
Prof. Dr. İlhan KERSE 3 Temmuz 1971-19 Eylül 1972,
Prof. Dr. Aydın AYTAÇ 19 Eylül 1972-1 Temmuz 1975,
Prof. Dr. Doğan TANER 1 Temmuz 1975-1 Temmuz 1981,
Prof. Dr. Ferhan TEZCAN 1 Temmuz 1981-20 Temmuz 1982 tarihleri arasında yürütmüşlerdir.
Enstitü haline getirildikten sonra Enstitü Müdürlüğü görevini
Prof. Dr. Ferhan TEZCAN 20 Temmuz 1982-1 Eylül 1988,
Prof. Dr Muhsin SARAÇLAR 1 Eylül 1988-1 Eylül 1994,
Prof. Dr. A.Atilla HINCAL 1 Eylül 1994-2 Eylül 1997,
Prof. Dr. N.Sezgin İLGİ 2 Eylül 1997-1 Ekim 2003,
Prof. Dr. Hakan Sedat ORER 1 Ekim 2003-7 Şubat 2012,
Prof. Dr. M. Kadri ALTUNDAĞ 7 Şubat - 31 Ekim 2012,
Prof. Dr. Ersin FADILLIOĞLU 1 Kasım 2012-29 Ocak 2016,
Prof. Dr. Diclehan ORHAN 6 Şubat 2016-12 Kasım 2021 tarihleri arasında yapmışlardır.
Enstitü Müdürlüğü görevi 15 Kasım 2021 tarihinden itibaren de Prof. Dr. Müge YEMİŞCİ ÖZKAN tarafından yürütülmektedir.
